В 2029 году мир переживает революцию благодаря достижениям в кибернетике, которые открыли новые горизонты для человеческих возможностей. Люди с легкостью заменяют свои конечности на высокотехнологичные роботизированные протезы, что приводит к размытию границы между человеком и машиной. В этом сложном и многогранном обществе, где кибернетические улучшения становятся нормой, главный герой — майор Мотоко Кусанаги из 9-го отдела службы безопасности — сталкивается с вызовами, которые ставят под сомнение не только личные границы, но и саму суть человеческой идентичности.
Кусанаги ведет расследование, сосредотачиваясь на таинственном хакере, известном как Кукловод, который манипулирует технологиями, вызывая общественный резонанс и ставя под угрозу безопасность всего общества. Постепенно, в процессе своих поисков, она начинает осознавать сложные механизмы контроля и манипуляции, которые исходят от этого кулисного гения. Каждое новое открытие приводит к углублению её понимания как себя, так и окружающей реальности, что приводит к философским размышлениям о природе сознания и свободе в мире, где технологии все больше определяют движение жизни.